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Tras su derrota política en las primeras elecciones presidenciales y legislativas de 1980, y con el surgimiento de fuertes diferencias con los otros grupos revolucionarios, principalmente con el Partido Republicano Islámico (PRI) del líder de la revolución, el ayatollah Ruhollah Jomeini, el MEK se convirtió en un enemigo político que rápidamente tomó las armas para combatir contra el nuevo gobierno. Tras la destitución del presidente Abol Hassan Bani Sadr por parte del parlamento, éste y Rajavi se exiliaron en París, y junto a la dirigencia del Partido Democrático Kurdo y el Frente Nacional Democrático formaron el CNRI en octubre de 1981. Sin embargo, entre 1983 y 1985 el resto de las organizaciones y Bani Sadr abandonarían el CNRI, dejando al MEK como única organización dentro de las siglas. A partir de allí y hasta la actualidad ambos acrónimos, MEK y CNRI, son considerados por la mayoría de analistas como sinónimos, más allá de que sus dirigentes prefieran el uso del segundo acrónimo para despegarse de las connotaciones violentas del MEK. El MEK fue ilegalizado, etiquetado de terrorista y perseguido por gobierno revolucionario, y las calles de Teherán se convirtieron en un nuevo campo de batalla, en medio de la guerra que Iraq había declarado a Irán en septiembre de 1980. Así, fue considerado el responsable de numerosos atentados perpetrados contra el gobierno y los sectores clericales afines a Jomeini. Los dos más célebres atribuidos al MEK ocurrieron el 28 de junio y 30 de agosto de 1981. En el primero, conocido como Haft-e Tir (la fecha en el calendario iraní), una bomba en la sede del PRI terminó con la vida de 73 de sus miembros, incluyendo al ayatollah Mohammad Beheshti, fundador y secretario del partido, y varios ministros del primer gobierno. En el segundo atentado, otra bomba en la oficina del Primer Ministro, Mohammad Javad Bahonar, terminó con su vida, la del presidente Mohamad Ali Rayaí y otros altos funcionarios del gobierno. Con sus dirigentes en el exilio en Paris, y la mayoría de sus militantes en Iraq, el MEK apoyó abiertamente la guerra de Hussein contra Irán, lo que definitivamente rompió cualquier vínculo del grupo con su anterior base de apoyo social en Irán, y dejaría de ser considerado siquiera como grupo "iraní" por su acción anti-nacional. Sus militantes incluso participaron en operativos de guerrilla en la frontera entre ambos países en apoyo a las tropas iraquíes. Durante la década de los 1980s, muchos de los miembros del MEK fueron detenidos, juzgados y ejecutados en Irán, muchos de ellos en la polémica ejecución en masa que tuvo lugar durante el verano 1988, presuntamente ordenada directamente por Jomeini. La actual jefa de la organización Maryam Rajavi, esposa del difunto Masud, sería elegida presidenta del NCRI en agosto de 1993. Envuelta en la polémica por su manera de conducir la organización, considerada por muchos como un "culto a su personalidad" con ritos iniciáticos y una férrea disciplina sectaria, M. Rajavi ha sido capaz desde entonces hasta la actualidad de sobrevivir a las vicisitudes políticas, incluyendo el colapso del régimen de Hussein, quien hospedaba la mayor base del grupo, y la caída en desgracia (temporal) en el seno de gobiernos de la Unión Europea y Estados Unidos. El MEK se hizo visible en 2002, cuando uno de sus representantes, Alireza Jafarzadeh anunciaba en rueda de prensa en Washington la existencia de instalaciones nucleares no declaradas en Natanz presuntamente con información suministrada por los servicios secretos israelíes-, abriendo una crisis diplomática en pleno gobierno del reformista Mohamad Jatamí. A pesar de lo funcional de su acción para los países que buscaban limitar el programa nuclear iraní, el MEK no pudo evitar ser incluido en las principales listas de organizaciones terroristas elaboradas por gobiernos y organismos internacionales. Aparte del ya mencionado Irán, Estados Unidos lo incluiría en su lista en 1997, seguido por el Reino Unido en 2001, la Unión Europea en 2002 y Canadá en 2005. La ONU, a su vez, declararía al MEK "involucrado en actividades terroristas" en 2008. La estructura transnacional del CNRI le ha permitido realizar un fuerte lobby, principalmente en Estados Unidos, Francia, Reino Unido, Alemania e Italia, consiguiendo un sorprendente apoyo de grupos políticos y económicos de diversa índole y orientación ideológica. Este apoyo se hace visible en sus grandes reuniones anuales con la presencia de grandes figuras de la política internacional, entre ellas las últimas de John Bolton, Rudolph Giuliani y Mike Pompeo, pero también altas personalidades europeas y españolas, como José María Aznar (2016 y 2010) y José Luis Rodriguez Zapatero (2013). Estos esfuerzos lobistas han servido para que el CNRI-MEK fuera retirado de las listas de organizaciones terroristas de Reino Unido (en 2008), la UE (2009), Estados Unidos y Canadá (2012). No es de extrañar por lo tanto que los esfuerzos financieros que la organización ejecuta al apoyar a partidos y candidatos de todo tipo, de izquierda a derecha, les sean rentables políticamente tras 40 años de su ruptura con Irán, y le han permitido al menos sobrevivir en el exilio. No obstante, su carácter sectario y terrorista sigue marcando su presente, sin que tenga ningún tipo de reconocimiento dentro de Irán como una alternativa válida ni legítima desde su defenestración gubernamental y rechazo popular a partir de su accionar terrorista.
